El Comité Coordinador es la instancia responsable de establecer mecanismos de coordinación entre los integrantes del Sistema Estatal y tendrá bajo su encargo el diseño, promoción y evaluación de políticas públicas estatales en materia de combate a la corrupción, todas ellas en estricto apego a lo que establezca el Sistema Nacional.

Son integrantes del Comité Coordinador:
I. Un representante del Comité de Participación Ciudadana, quien lo presidirá; 
II. El titular de la Entidad Superior de Fiscalización; 
III. El titular de la Fiscalía Especializada en el Combate a la Corrupción, adscrita a la Fiscalía General del Estado de Querétaro; 
IV. El titular de la Secretaría de la Contraloría; 
V. Un representante del Consejo de la Judicatura del Poder Judicial del Estado de Querétaro; 
VI. El Presidente de la Comisión de Transparencia y Acceso a la Información Pública del Estado de Querétaro; y 

VII. El Presidente del Tribunal de Justicia Administrativa del Estado de Querétaro.